Une grande diversité de milieux caractérise la Réserve Naturelle : forêts alluviales, ripisylves, mares et marais, bras morts, berges vaseuses, prairies, étangs artificiels, boisements de coteaux, etc. Une multitude d’espèces animales et végétales (terrestres, aquatiques et inféodées aux zones humides) trouve ainsi des conditions de vie favorables dans cette mosaïque d’habitats naturels. Le territoire est également constitué d’une part importante de zones humides, en régression ailleurs, qui sont des espaces de transition entre terre et eau, des écotones riches d’un point de vue spécifique et de valeur patrimoniale élevée. La naturalité des milieux s’accentue avec la recolonisation naturelle de sites anciennement anthropisés et l’évolution des boisements vers des forêts alluviales à caractère naturel.
La succession des milieux naturels de la Réserve naturelle résulte de l’action physique de l’eau et de l’apport de semences par les crues. Inondations, érosions, dépôts, sont à l’origine d’une dynamique créant régulièrement des milieux pionniers, ralentissant une évolution inéluctable vers la forêt. Ainsi, se côtoient sur le territoire de la Réserve Naturelle de nombreux types de milieux, des plus secs aux plus humides, des plus jeunes aux plus matures : forêts galeries de Saule blanc souvent accompagnées de Peuplier noir et de Frêne oxyphylle, pelouses sèches calcaires accueillant de nombreuses orchidées,…
Au total, près d’une cinquantaine de milieux naturels ont été recensés, dont certains sont rares au niveau local comme national.
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