Ecosystèmes à part entière, les zones humides de la Réserve naturelle, alimentées en eau de manière permanente ou temporaire, par les ruissellements de surface, les crues et les remontées des nappes alluviales, sont le refuge de nombreuses plantes et animaux adaptés, comme les insectes aquatiques, les amphibiens (regroupant les grenouilles, crapauds, tritons et salamandres), mais aussi quelques espèces bien particulières comme l’Utriculaire australe, plante carnivore aquatique. Même si certaines sont d’origine naturelle, nombreuses sont issues de l’exploitation des gravières qui a marqué le territoire de la confluence ; abandonnées depuis quelques décennies, elles ont donné naissance dans le meilleur des cas à des zones humides de substitution remarquables, que tout un cortège de végétaux et d’animaux ont su s’approprier, faute de trouver mieux ailleurs.

Espèces : Triton marbré, Grèbe castagneux, Utriculaire australe, Butome en ombelle, odonates….